Alla rivista Quaestio si affianca dal 2004 una collana intitolata «Biblioteca filosofica di Quaestio», ugualmente diretta da Costantino Esposito e Pasquale Porro. La collana comprende testi originali, studi e strumenti che approfondiscono, in parallelo alla rivista, alcuni temi o momenti specifici della storia della metafisica dalle origini fino ai dibattiti contemporanei. I volumi della collana sono sottoposti alle medesime procedure di revisione e valutazione applicate alla rivista, sotto la supervisione dello stesso comitato scientifico.